La chiesa di San Papino è il centro religioso della Parrocchia SS. Crocifisso di Milazzo e dell'annesso convento dell'Ordine dei Frati Minori Riformati. È ubicata nella riviera di ponente e l'insieme dei manufatti costituisce uno dei più estesi complessi monumentali della città di Milazzo ai piedi del Castello e dell'omonimo Borgo. Appartiene all'arcidiocesi di Messina-Lipari-Santa Lucia del Mela, vicariato di Milazzo-Santa Lucia del Mela (sotto il patrocinio di San Francesco di Paola) arcipretura di Milazzo, Parrocchia del Santissimo Crocifisso, appartenente ai Frati Minori della Provincia Religiosa del "SS. Nome di Gesù" Sicilia.